"In 75 gorgeous minutes, Markus Wagner and his Romeo Antoniazzi cello (Cremona, 1924) remap the focus of where solo cello recitals and recordings could be", schrieb das Strings Magazine 12/2014 über Markus Wagners neue CD mit Aufnahmen der Suiten für Violoncello solo von Julius Klengel, Hugo Becker und Paul Tortelier. Und der American Record Guide titelte in seiner Ausgabe 1,2/2015 : „This is a must for cellists. It is recorded with clarity and gives us a new look at a world we thought we knew."
Markus Wagners weitgefächertes Repertoire reicht von der Barockzeit über die Klassik und Romantik bis hin zu zeitgenössischen Kompositionen. Neben dem Standartrepertoire widmet er sich besonders gerne der Entdeckung unbekannter Komponisten und deren Werken. Einige davon, wie zum Beispiel das Cellokonzert von Heinrich Kaspar Schmid, brachte er zur Uraufführung. 2014 erschien oben erwähnte, von Publikum und Fachpresse hochgelobte CD mit Weltpremiere-Aufnahmen der Suiten für Violoncello solo von Julius Klengel, Hugo Becker und Paul Tortelier.
Geprägt von einem musikalischen Elternhaus und nach einem kurzen Umweg über die Geige entdeckte er mit sieben Jahren das Violoncello als sein Instrument. Nach erstem Unterricht bei Walter Reiser, Kurt Engert und Fritz Moscher studierte er bei Walter Nothas an der Hochschule für Musik in München (künstlerisches Diplom mit Auszeichnung) und setzte das Studium anschließend bei Zara Nelsova an der Juilliard School of Music in New York fort. Meisterkurse bei Paul Tortelier (Diploma di Merito der Accademia Chigiana, Siena), Heinrich Schiff, Natalia Gutman, William Pleeth und Yo Yo Ma (Violoncello Society New York) ergänzten seine Ausbildung.
Markus Wagner ist Preisträger mehrerer nationaler und internationaler Wettbewerbe, darunter der 1. Preis beim Felix Mottl Wettbewerb (München 1989), Kunstförderpreis der Stadt Augsburg (1991), Medaille beim Concurso International de Musique Maria Canals (Barcelona 1991) sowie Diplom beim Concours International d'Exécution Musicale (Vina del Mar, Chile 1991).
1991 wurde Markus Wagner als einer der jüngsten Dozenten Deutschlands zum Leiter einer Celloklasse am Leopold-Mozart-Konservatorium in Augsburg ernannt. Nach seiner Berufung zum Professor im Jahr 2001 wechselte er 2007 an die Hochschule für Musik in Nürnberg. Viele seiner ehemaligen Schüler sind heute in Orchesterpositionen in Europa, Asien und Nordamerika tätig. Markus Wagner gibt regelmäßig Meisterkurse in Deutschland und anderen europäischen Ländern.
Konzertreisen führten Markus Wagner durch die meisten Länder Europas, nach Israel, China und in die USA. Er war unter anderem Gast bei den Musikfestivals in Athen, Bukarest und New York, beim Schleswig-Holstein-Musikfestival sowie der Bachwoche Ansbach.
Markus Wagner spielt ein Instrument von Romeo Antoniazzi, Cremona 1924.